本发明提供了一种无菌菠萝外植体制备方法及其农杆菌转化方法,无菌菠萝外植体制备方法包括将菠萝幼嫩植株先用清水冲洗干净,然后通过75％的酒精和0.1％HgCl-(2)分别进行消毒后,通过菠萝不定芽诱导培养基诱导菠萝不定芽的产生,产生的不定芽转移至不定芽扩繁培养基上继续光照培养,得到无菌菠萝植株,无菌菠萝植株转移至壮苗培养基上继续光照培养,得到较为粗壮的无菌菠萝植株,将其切成约3mm左右厚度的茎圆片,可以用于菠萝农杆菌转化。该方法通过优化外植体消毒方法得到无菌植株,通过不定芽途径得到大量菠萝茎圆片,并在茎圆片的基础上进行菠萝的转化,提高了菠萝的转化效率；该方法所需设备简单、操作技术容易掌握,具有广阔的开发应用前景。