本发明公开一种基于假attP位点自发定向整合的通用型微环DNA表达载体及其构建方法与应用,其中该微环DNA表达载体由目的基因、PPAP序列和微环DNA质粒构成,所述PPAP序列包括依次连接的polyA加尾信号、启动子、反向attB序列、ΦC31整合酶基因和终止密码子,所述反向attB序列的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示,所述的ΦC31整合酶基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示,所述终止密码子的核苷酸序列为TGA。本发明提供的微环DNA表达载体能够自发定向、特异性地整合到真核细胞基因组内假attP位点,避免质粒随机插入引起的基因表达沉默和其他安全隐患,从而使目的基因安全持续高效表达,具有较高的生物安全性。