本发明提供一种杀伤基因突变肿瘤细胞药物及其制备方法和应用,涉及生物医药技术领域,其中所述杀伤基因突变肿瘤细胞药物至少包括重组腺病毒Adv-Cas9~(D10A)-EGFP、Adv-Donor-gRNA和GCV,所述Adv-Donor-gRNA中的Donor序列包含HSV-TK和Reporter gene,其中所述Adv-Cas9~(D10A)-EGFP用于在肿瘤细胞中基因突变位点附近的DNA链产生两个缺口,所述Adv-Donor-gRNA用于将HSV-TK-Reporter gene序列插入到剪开的缺口中,所述GCV用于靶向性杀伤基因突变肿瘤细胞。本申请提供的杀伤基因突变肿瘤细胞药物,利用CRISPR/Cas9~(D10A)基因编辑系统的高靶向性和HSV-TK/GCV自杀基因系统的高杀伤性,准确地将HSV-TK基因插入发生S45P突变的beta-Catenin肿瘤细胞中,使用前体药物GCV进行杀伤,可以有效地诱导携带基因突变细胞的死亡,从而达到靶向性杀灭肿瘤细胞的目的。