本申请属于医药技术领域,尤其涉及一种基于干细胞的纳米药物及其制备方法和应用。本申请提供了一种基于干细胞的纳米药物,包括：干细胞条件培养基、载体材料和聚阳离子；所述载体材料用于包裹所述干细胞条件培养基形成纳米颗粒；所述聚阳离子修饰在所述纳米颗粒的表面。本申请提供了一种基于干细胞的纳米药物及其制备方法和应用,有效解决现有膀胱内给药治疗膀胱疾病时存在的药物容易被尿液稀释且随尿液外排、驻留时间短且难以穿透膀胱黏膜屏障的技术缺陷。