本发明公开了一种用于燃气轮机的吹扫系统及其控制方法,所述用于燃气轮机的吹扫系统,所述燃气轮机具有燃烧器,所述用于燃气轮机的吹扫系统包括：燃料支路、气源组件和控制组件。所述燃料支路为多个,多个所述燃料支路与所述燃烧器连通,所述气源组件与多个所述燃料支路连通,所述气源组件用于向多个所述燃料支路输出惰性气体,以在所述燃烧器供应燃料前和燃料退出后对所述燃料支路进行吹扫,所述控制组件与所述气源组件和所述燃料支路连通,所述控制组件用于控制所述气源组件吹扫所述燃料支路。本发明的用于燃气轮机的吹扫系统的安全性能高,且有利于提高燃气轮机燃烧的稳定性。